很多人说，成品硝化细菌没有用。空气中到处都是硝化细菌，干嘛还要人工添加？ 确实，硝化细菌无处不在，空气中，土壤里。但我想问，酵母菌也无处不在，为什么我们蒸馒头还要添加酵母粉？我们开缸的时候，不添加任何硝化细菌，慢慢的硝化系统也可以建立，但需要相当长的时间。研究表明，自然开缸的硝化系统完全稳定需要4－6周时间，这么长的时间恐怕很少有人有这个耐心。我们往往养水养个一周就进鱼了，有的还一放就很多。此时硝化细菌还没有完全建立，由于有机物的激增，很容易造成鱼只的死亡。而在开缸时添加硝化细菌，这一过程就可以大大缩短。一般干粉的休眠硝化菌入水后3－5天可完全活化并发挥作用，也就是说，1周左右就可以建立完善的硝化系统了。
同样是一周放鱼，添加硝化菌可让死鱼的风险大大降低。 目前硝化菌产品的良莠不齐也是造成很多人认为硝化菌无用的原因之一。高质量的硝化菌需要定向培养并提纯制剂，需要较为专业的设备和制作成本。市售几元一瓶的所谓“硝化菌”，大家可以算笔帐，扣除包装的成本，以及留给经销商的利润，剩下的还有多少是原料的成本，这么低的成本怎么可能制作出有效的硝化菌制剂？特别是液态菌，很多都是伪劣的培养液（也就是大家俗称的“臭水”），里面根本没有硝化菌。
即使真正的液态硝化菌，如果不采用特殊工艺，常温最多也只能保存3个月；干粉硝化菌制作工艺就更复杂，如冻干粉技术，需要将菌液在低温下冷冻，使细菌快速进入休眠状态，然后在真空中使水份挥发掉，生产过程需要成套的制剂设备，成本较高。而市售的一些廉价的所谓 “干粉”，其实是菌液与麦麸、石灰石等混和再干燥而成，微生物保存效果远不如冷冻干燥（冻干粉）技术，但制作简单，成本低廉，一般用于用量较大的水产养殖业，而很多廉价的干粉硝化菌原料就是用的这种鱼塘用品。这种干粉含菌量低，活性差，杂菌多，入水后有较多漂浮物，不适合水族箱使用。
正是由于目前水族用硝化菌市场的混乱，而厂家又天花乱坠的宣传，比如每毫升含菌多少亿，超浓缩，强力分解各种粪便（这根本不是硝化细菌的作用）等等，再以低廉的价格倾销，让很多新手摸不清头脑，用了没效果，进而认为硝化菌无用。硝化菌是生物制剂，本身生产成本就高，再加上包装，以及销售环节，卖给消费者的价格是不可能很便宜的，那些低价的产品，是什么大家应该有数吧。贵的不一定好用，但太便宜的一定不好用！
